7월부터 일반과세자가 된 온라인셀러 — 세금계산서 의무와 재고매입세액공제, 지금 챙길 것

안녕하세요. 담연세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

이달 들어 온라인셀러 사장님들께 부쩍 많이 받는 질문이 있습니다. "세무서에서 일반과세자로 바뀌었다는 우편이 왔는데, 뭐가 달라지는 건가요?" 그리고 더 걱정되는 경우는 이렇게 말씀하시는 분들입니다. "저는 아무 통지도 못 받았는데요?"

결론부터 말씀드리면, 작년 매출(공급대가)이 1억 400만원을 넘은 간이과세자는 2026년 7월 1일자 일반과세 전환 대상이고, 세무서 통지와 함께 유형이 바뀝니다. 통지서를 못 받았다면 내 과세유형이 지금 어느 쪽인지부터 확인하셔야 합니다. 그리고 전환 첫 달인 지금, 반드시 챙겨야 할 것이 두 가지 있습니다. 하나는 세금계산서 발급 체계, 다른 하나는 **이번 부가세 확정신고(7월 27일까지)와 함께 내야만 받을 수 있는 '재고매입세액공제'**입니다. 순서대로 정리해 드리겠습니다.

나도 일반과세자로 전환됐나요?

기준은 부가가치세법 제61조와 시행령 제109조가 정하고 있습니다. 직전 연도 공급대가 합계가 1억 400만원 이상이면 다음 해 7월 1일부터 일반과세자가 됩니다. 즉 2025년 한 해 동안 매출이 1억 400만원을 넘었다면, 2026년 7월 1일부터 2027년 6월 30일까지 일반과세가 적용됩니다(부가가치세법 제62조).

온라인셀러라면 두 가지를 주의하셔야 합니다.

• 공급대가는 부가세가 포함된 금액입니다. 정산받은 금액이 아니라 소비자 결제금액 기준으로 보면 생각보다 빨리 넘습니다.
• 플랫폼별 매출은 합산합니다. 스마트스토어에서 6,000만원, 쿠팡에서 5,000만원이면 합계 1억 1,000만원으로 전환 대상입니다.

세무서장은 전환되는 과세기간 개시 20일 전까지 통지서를 보내고 사업자등록증을 정정해 줍니다(시행령 제110조). 간이과세자가 일반과세자로 바뀌는 방향에서는 이 통지를 받아야 일반과세가 적용되고, 통지받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세 규정이 그대로 적용됩니다(시행령 제110조 제3항). 통지서를 못 받으셨다면 아직 간이과세자일 수도 있지만, 우편만 놓치고 통지는 이미 이뤄졌을 가능성도 있습니다. 홈택스 사업자등록 조회에서 내 과세유형을 직접 확인하고, 불분명하면 관할 세무서에 통지 여부를 확인하시는 것이 가장 확실합니다.

세금계산서, 이제 뭐가 달라지나요?

사실 직전 연도 공급대가 4,800만원 이상인 간이과세자는 간이 시절에도 이미 세금계산서 발급 의무가 있었습니다(부가가치세법 제36조). 그래서 전환으로 달라지는 것은 "발급할 수 있느냐"가 아니라 얼마나 정확하게 발급·전송하느냐입니다. 일반과세자로서 발급 의무는 그대로 이어지고(제32조), 발급 시기는 원칙적으로 공급시기, 월합계 세금계산서 특례를 쓰면 공급한 달의 다음 달 10일까지입니다(제34조).

여기서 가산세 구조를 알아두셔야 합니다(부가가치세법 제60조 제2항).

상황	가산세
기한(다음 달 10일)을 넘겨 확정신고기한 내 발급	공급가액의 1% (지연발급)
확정신고기한까지도 발급하지 않음	공급가액의 2% (미발급)
전자발급 의무자가 종이로 발급	공급가액의 1%
전자세금계산서 지연전송 / 미전송	0.3% / 0.5%

가장 위험한 것은 "나중에 몰아서 끊자"는 생각입니다. 확정신고기한까지 발급하지 못하면 미발급 가산세 2%로 확정되고, 그 뒤에 발급해도 가산세는 줄어들지 않습니다. 확정신고기한 후 1년 이내에 발급하면 거래상대방의 매입세액공제는 경정청구로 살릴 수 있지만(시행령 제75조), 공급자에게 붙은 2% 가산세는 그대로입니다.

또 하나, 직전 연도 공급가액 8,000만원 이상인 개인사업자는 전자세금계산서 발급 의무 대상입니다(시행령 제68조). 1억 400만원을 넘어 전환된 셀러라면 사실상 전자발급 의무까지 함께 시작된다고 보시면 됩니다. 공동인증서와 홈택스(또는 발급 대행 서비스) 발급 체계를 지금 갖춰 두세요.

재고매입세액공제 — 이번 신고를 놓치면 사라지는 돈

전환자에게만 주어지는 혜택이 하나 있습니다. 간이과세자 시절에는 물건을 사입해도 매입세액을 제대로 공제받지 못했는데(매입액의 0.5%만 공제), 전환일 현재 남아 있는 재고와 자산에 대해 그 못 받은 매입세액을 돌려주는 제도가 재고매입세액공제입니다(부가가치세법 제44조, 시행령 제86조).

대상은 2026년 7월 1일 현재 보유한 것 중,

• 재고품: 판매용 상품·제품·재료
• 감가상각자산: 취득 후 2년 이내의 비품·차량·기계 등, 취득 후 10년 이내의 건물·구축물
• 세금계산서 등 증빙으로 취득가액이 입증되는 것만 인정됩니다.

예를 들어 재고품은 「재고금액 × 10/110 × 94.5%」로 계산합니다. 부가세 포함 5,500만원어치 재고가 남아 있다면 약 472만원의 세액을 돌려받는 셈입니다. 감가상각자산은 경과 기간만큼 차감해 계산합니다.

핵심은 신청 시기입니다. '일반과세 전환 시의 재고품등 신고서'는 변경일의 직전 과세기간에 대한 신고, 즉 마지막 간이과세분(2026년 1~6월) 확정신고와 함께 제출하는 것이 원칙입니다(시행령 제86조 제1항). 이번 확정신고 기한은 7월 25일이 토요일이라 7월 27일 월요일까지입니다. 기한을 놓쳐도 기한 후 제출이나 경정청구로 재고 사실을 입증해 공제받을 길은 열려 있지만(기획재정부 부가가치세제과-838, 2010.12.20.), 세무서 확인 절차를 거쳐야 하는 만큼 이번 신고에 함께 얹어 내는 것이 가장 안전합니다. 신고 전에 재고 현황과 취득 증빙부터 정리해 두세요.

신고서 제출 후에는 세무서가 1개월 이내에 승인 여부를 통지하고, 기한 내 통지가 없으면 신고한 대로 승인된 것으로 봅니다(시행령 제86조 제6항·제7항). 공제는 승인일이 속하는 신고분(2026년 2기)부터 반영됩니다.

신고 일정과 세금 계산은 어떻게 바뀌나요?

구분	간이과세자 (전환 전)	일반과세자 (전환 후)
세액 계산	공급대가 × 업종별 부가가치율(15~40%) × 10%	매출세액(10%) − 매입세액
매입 공제	매입액의 0.5%만	매입세액 전액
환급	불가	가능
신고 횟수	연 1회 (다음 해 1/25)	연 2회 확정 (7/25, 다음 해 1/25) + 예정고지

올해는 과세기간이 둘로 나뉩니다(부가가치세법 제5조). 1~6월 간이과세분은 7월 27일까지 확정신고하고, 7~12월 일반과세분은 2027년 1월 25일까지 첫 일반과세 신고를 하게 됩니다. 이후에는 반기마다 확정신고를 하고, 개인 일반과세자는 중간에 예정고지(직전 과세기간 납부세액의 50%, 50만원 미만이면 생략)를 받습니다. 다만 전환 직후인 2026년 2기에는 예정고지가 나오지 않습니다 — 간이과세자에서 일반과세자로 변경된 과세기간은 예정고지 대상에서 제외되기 때문입니다(부가가치세법 제48조 제3항).